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CMCI weblog
サーバー引っ越し2026
このサイトのサーバーは生物画像解析の講習のサンプル画像の置き場所も兼ねている。2016年からこれまで、米国のinmotion hostingという会社のVPSサービスを利用していたのだが、この数年、値上がりが著しく、当初より4倍ぐらいの値段になってしまい、次回の更新では二年の延長のために450米ドルを支払う（となるともはや7万円とかそんな感じである）ことになってしまった。
米国もインフレで単に値上がりした、ということもあるが、inmotionの方針として単なるVPSサービスを超えてOwnCloudやらもろもろのオンラインツールなど、クラウドサービスとしての役割を担っていくことを目標としているらしく、さまざまなツールを簡単にインストールできることが売りになってきている。ゴージャスなVPS。でも私はそのほとんどを使わないのであるな… 使わないサービスにお金を払うのはちとムダがすぎる。ドメインの維持費も今や年に1万円ぐらいまでどんどん値上げで、これはアンフェアな印象。
そんなわけで、本日を持って、サイトはDigital Oceanのドロップレットに、ドメインのレジストラはCloudflareに移行した。サイトの維持費はこれで、2016年ごろに支払っていた値段に戻るのであるが、安いのに速い。CloudFlareにいろいろ仕組みがあって、豪速になるようだが、あまり詳しくないのでわかっていません。
サンプル画像はFijiのプラグインを使ったダウンロードになるのであるが、その速度は体感できる違いになった。DigitalOceanのサーバがシンガポールで、私が日本にいるのでそりゃレイテンシは減るわな、ということもあるが、いずれ欧州からも速度を試してみることにしよう。
日本語の教科書のうち2冊は、サンプル画像プラグインに大幅に依存しているので、サンプル画像へのアクセスは日本からがたぶん一番多いので（みていないですが）、画像の置き場所を米国東部からシンガポールに移動したことは理にかなっている。なお、プラグインの内部のサンプル画像への直接リンクもhttps化したので、インストールしている人は、Fijiのアップデートサイトでアップデートせよ、というリストに入ると思います。
このwikiは、最初はEMBLの中で2006年頃始めて、そのあとで2016年にinmotionに引っ越し、次に2026年にDigitalOceanに引っ越し。DokuWikiはデータベースを使わないCMSなので、単純なだけに引っ越しも身軽、長生きです。開発自体が止まるとちと困りますが。
GloBIAS神戸2025閉幕
GloBIASの初の国際会議が10月26日から31日まで神戸の理研BDRで開かれ、盛況のうちに幕を閉じたのはすでに12日前になる。人と人のコミュニケーションという意味で強度の高い会議を目指していた目論見がみごと成功した一方、頭も身体もへとへとになり、ようやく回復しつつある感じで、いやはや、もう老人ですな。
NEUBIASはコミュニティーとしての盛り上がりが和気あいあいとしており他のミーティングに比べて際立っていることで欧州を中心にその名を高めたわけであるが（The NEUBIAS Moodとも呼ばれる）、私は密かにこれが欧州に特有な濃密な社会関係を反映したもので、欧州外で同じような雰囲気を作るのはかなり難しいのではないか、と正直思っていた。欧州の研究者同士の関係性は、週末にいつも一緒に飯を食う、というのはまず当たり前で、めずらしくもない。私が独身のときにはさらに毎週木曜はかならず決まったカフェに集まって（週末の帰省や旅行、恋人のもとに行くので金曜の夜は不在という人が多いので木曜なの夜なのである）侃々諤々の議論やら馬鹿話やらで盛り上がっていて、その中から新しいプロジェクトや論文が生まれたりする。NEUBIASのようなコミュニティーもこうした雰囲気の中で形成されていったネットワークだったので、そこには少なからず、日常の中にある濃密な人間関係が反映されていた。この文化的な特性を背景とせずに日本で同じような会議の開催が可能なのだろうか、というのが、「難しいのではないか、大丈夫かな」と思っていた理由である。
結果からいえば、理研BDRの大浪研のラボをあげての全面的な支援のもと、私が当初感じていた不安は見事に解消されることになった。アジア、欧州、アフリカ、北米、中米、南米、オーストラリア、まさに世界各地から160名が参集し（日本からの参加者は1/3であった）、まさに和気あいあい、闊達な議論が終始交わされる、すばらしい会議となった。閉幕時には「去るのが寂しい」とまで言い出す研究者が現れるのはまさにThe NEUBIAS Moodに見られた雰囲気でもある。
そもそも、GloBIASの会議の開催地を公募したときに、大浪研の菅原さんが「NEUBAISと同じような会議を開催する」と意志を表明したことがその成功の第一の理由である。菅原さんは欧州で研究していたときにNEUBIASに何度か参加しており、NEUBIASの会議の雰囲気は特別で実に魅力的だ、と以前から私に感想を述べており、ああ、同じこようなアレを再現したいのだな、ということは意思表明を聞いてすぐに推し量ることができた。私は欧州の外で開催する場合には「構成をある程度簡素化してやらないとムリではなかろうか」と密かに考えていたのであるが、菅原さんの強い意志表明を受けて、よし、じゃあ私も全力でやろう、と思うにいたったのであった。そして、菅原さんは今年の春の準備段階から、会議が閉幕するまでの長期間、実に粘り強く準備と運営、資金の獲得を行ってくれた。まだ誕生して1年しかたっていないGloBIASの最初の会議をこのように成功に導いたまさに立役者である。同時に、大浪研のメンバーの方々の七面六臂の活躍もまた特筆せねばならない。準備の最初の段階から深く関わってくれた関口さんは、財政的な管理から、諸国からやってくる研究者の滞在許可や旅費の管理、現場でのロジスティクスにおいてまさに大黒柱となってくれた。夏の始まりごろまでは完全に赤字の状態であったが、大浪さんがもつ資金獲得の豊富なアイデアやツテを辿ってついには観光庁やJICAからも助成を得ることができた。京田さん、糸賀さん、塩井さんは、スポンサーの募集・獲得・対応などすべて実に丁寧に、綿密に行ってくれた。会議の開催中は、実験助手やポスドク、院生の方々、サマースクールの卒業生の各地の学部生も含め、まさに大浪研総動員で会場を走り回ってくれた。これらの方々の献身的な働きがあって、「欧州外」での闊達で強度の高い、人と人のつながりを強く感じることのできるThe GloBIAS Moodのミーティングを作り上げることに成功したのである。以下は参加者のEric HidariのlinkedInの投稿の抜粋である。
I found the conference extremely friendly, with elements I can relate to as a research IT professional, ranging from HPC, data management, software development to communicating with academic users. It genuinely feels like a community gathering, rather than a typical academic conference.
https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7393436574073495552/
動的輪郭法
動的輪郭法（Active contour）というアルゴリズムは便利でなかなかおもしろいのであるが、応用範囲があまりないからかマイナーな分節化アルゴリズムの一つである。さっきまったく別のことで検索していたら、たまたまこんなYahoo知恵袋の質問と解答に行き当たった。
https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q12318043457
で、回答者が「Oval ROIを使って手で測れ」といっている。まあそうなのだが、質問者の意図はもっと自動的に（つまり客観的に）やりたいということなので、あまりよい回答ではないなあ、と思った（私自身はYahooに回答したことがないので僭越ではあるのだが）。FijiにはPlugins>Segmentation>LevelSetという昔からあるプラグインが同梱されていて、この機能の一部が動的輪郭法である。これは、仮想上の輪ゴムを伸ばしたり縮めたりしながら形にフィットさせる、という手法で、輪ゴムの張力を上げ下げすることでどのような輪郭を分節化したいか、調整することができる。ふにゃふにゃな形にピッタリフィットするようにするには張力を上げればよいし、ふにゃふにゃなかたちにフィットしないでもなめらかな輪郭を得たいならば輪ゴムの張力を上げる。単純にはこのようなことで、実際にはなにをもって形とするかパラメータ設定がややこしくなったりする（はっきりした形ならラクだが、境界が曖昧だと工夫するひつようがある）。
上のCの形状の内径であれば、境界がくっきりしているのでまさに動的輪郭法の出どころである。円をフットさせる、ということだ。ちょっとやってみたらすぐにできた。
時間がないのに思わずやってみてしまった…
あと実はハフ変換という手法もあって、これでも円の検出が一瞬でできるので、たぶん内径と外径を同時にはかることができるだろう。これは、プラグインを入れないといけないので、面倒なので試していない。
むむ。単に数理形態演算でやればいいんじゃねーか。というわけで、Plugins>MorphoLibJ>Filtering>Morphological Filtersで、閉鎖処理をしてみたら、ばっちり可能であった。
話を元に戻すと、LevelSetのプラグインはErwinという人が実装したプラグインで、2008年頃、EMBLでやったハッカソンにきてコードの最後の部分を書いていた。なにか、なつかしい感じである。チュートリアルとかないし、fast marching(wand toolの精密版)とかも一緒になっていてわかりにくいUIになってしまっている。あと、Previewができるようにするといいわなー、とか思うけど、私は手を出す暇がないな。これこそ、vibe codingで効率的にアップグレードできる感じのプロジェクトである。
GloBIAS2025、登録締切間近
来月10月の最後の週に神戸の理研で開催されるGloBIAS2025は、さまざまなイベントが組み合わさった生物画像解析を巡るマルチプレックスなカンファレンスです。
前半4日間に並行して開催される3つのイベント、トレーニングスクールは40名強の参加者、2種類のハッカソン参加登録者は総勢40名程度、タガソンは10名ほどの登録者で、これらの参加者はほぼ全員、後半3日間のシンポジウムに揃って参加します。目下、シンポジウムだけの参加者を合わせると総参加者数は160名ほどで、まさに世界各国からの参加が見込まれています。日本、欧米、オーストラリアが中心ですが、韓国、台湾、中国からも多くが参加し、さらに遠方の南米やアフリカからも合わせて10人近くが参加する予定です。特に、アフリカなど途上国からの参加者はなんと、JICAの支援を得ることができました。前半のイベントの参加登録はすでに締め切っているのですが、シンポジウムのみの参加は、締切が数日後の9/15なので、ぜひご登録、ないし、まわりに生物画像解析に興味のあるかたがいたら、知らせてみてください。
登録は以下のカンファレンスのサイトにリンクがあるGoogle Formから行えます。
https://bit.ly/GloBIAS2025-Kobe
なお、シンポジウムに登録すると、前半4日間のハッカソンやタガソンにも参加できるので、これらのイベントに興味のある方もぜひ、詳しい情報をカンファレンスのサイトで読んでみてください。ハッカソンは1つ目はBIAFLOWS、BIOMERO、SSBDといったオンラインの生物画像解析リソースのインタオペラビリティや協働性を高める開発が中心（雑駁には画像クラウド解析と画像データベース、が鍵概念になるでしょう）、2つ目はnapariのコアモジュールの開発です。後者は開発リードのJuan Nunez-Iglesiasさん（有名人）がオーガナイズしています。いずれもすごい人達が来るのだ… タガソンは、有り余るほどある生物画像解析のツールやワークフローを整理、テストしてデータベース化する、という作業セッションです。というと地味に聞こえるかもしれませんが、ディスカッションや、講演などもあるので（たとえばMorpholibJの開発者である数理形態学画像処理の猛者、David Leglandさんがなんと1時間喋ってくれます）、開発者ではなく解析者として作業を行いたい、情報交換をしたい、という方にはおすすめです。
今年の春に出版した羊土社の「型で学ぶ生物画像解析」をご存知の方は、編著者の塚田さん（慶応）、大浪さん（理研）、京田さん（理研）、遠里さん（立命館）、河合さん（東大）、菅原さん（理研）、平塚さん（大阪国際がんセンター）がシンポジウムに参加するので、直接御本人たちと話せます。
call4help、おもしろいぞ
さて、引き続き宣伝です。今年の5月にカンファレンスで行われるいろいろな形式の情報交換の企画を概観したのですが（https://bit.ly/GloBIAS2025-Kobe-BlogpostJP）、ここでは特にシンポジウムのセッション、call4helpの宣伝をします。“call4help”とは、「助けを求める！」の意味で、生物画像解析をしたいのだが、どうやってやったらいいのかわからない、あるいは、一応ある程度までうまくいったのだが、ここを改善したい、もっといい方法はないか、といった質問に雁首揃えた専門家たちがこうしたらよいのではないか、とアドバイスをするセッションです。2016年にリスボンで開催されたNEUBIASの年会から始まった企画で、スイス工科大学のSimon Norrelykkeさん（今はハーバードメディカル・スクール）とSzymon Stomaさんが企画の発案者です。せっかくこれだけ生物画像解析の専門家が揃っているのだから、ライブで問題解決をするセッションがあってもよいのではないか、ということで始まりました。call4helpは、Szymonが運営している専用のウェブサイトがあるので、そちらにこれまでの「質問」のスライドなどを観ることができます。簡単な質問も困難な質問も、いろいろごった煮です。
https://call4help.let-your-data-speak.com/
具体的には質問者が登壇し、何枚かのスライドで課題をみなの前で説明します。この説明は数分から長くても10分、それ眺めた100人から200人の観客がてんでに挙手し、「こうしたらよいのではないか」というアドバイスを行います。生物画像解析の専門家といっても、その得意とする分野はさまざまなので、たてつづけにもたらされるアドバイスもさまざまな角度からのものになります。「生物画像解析の専門家」の前歴は多用です。情報系の出身の人の中にもアルゴリズム開発の人や、システム開発の人がいる。生物系の人でも、分子生物学、生物情報学生物物理学など、得意とする背景は多用です。ほかにも顕微鏡の技術者、信号処理の工学者（中でもガチの画像処理）、応用数学者も無視できない数が「生物画像解析者」になっています。NEUBIASや、来月行われる神戸でのGloBIASの初のフルの年会には、出こうした多用な背景を持つ人たちに加え、トレーニングスクールにやってくる生物学ど真ん中の研究者たちもいます。こうしたことから、まさに多用なアドバイスが登場することになります。面白いのは、こうしたいろいろな角度からのアドバイスは、質問者だけでなく、観客（兼、回答者）のみなも「おお、そんな考え方、やりかたがあったのか」と、学んだり刺激を受けることが多く、それゆえ、議論が観客同士に移動したりして大変盛り上がったりします。以上のような理由で、call4helpで質問をすることを主な目的に参加されるのもよいのではないでしょうか（眺めるだけでもおもしろいと思います）。大いに歓迎します。シンポジウム参加登録後に、上のcall4helpのウェブページにあるサブミッションフォームで、質問を受け付けています。
今回は、スイスのベルン大学のAna Stojiljkovicさんと慶応大学の塚田祐基さんがセッションのオーガナイズをします。call4helpの創始者、Szymon Stomaはシニアアドバイザーとして同席します。
GloBIAS2025のプログラム
プログラムはほぼ完成しており、シンポジウムの登壇者とトークのタイトルは以下で公開しています。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1O_LUEHDqvo_F_qbUlBVTquKPp_L3aT0Dy-gq_OlX9Bs/edit?gid=0#gid=0
というわけで、登録締め切りまであとわずか、ふるってご参加ください。
最後になりますが、この開催の発端から準備まで、理研の大浪研には全面的に関わってもらっています。どうもありがとうございます…
GloBIAS Launched!
Global Bioimage Analysts' Society (GloBIAS) officially launched on October 24th, 2024, aiming to promote a sustainable worldwide community of bioimage analysts. We registered the society in Austria. We compared the simplicity of the registration of a society in various countries, and the final choice was Austria. It was also that Gabriel Krens, the head of the imaging facility at the Institute of Science and Technology Austria (ISTA), kindly agreed to host the location of GloBIAS in his institute. We thank Gabriel tremendously for this generous support.
GloBIAS aims to support bioimage analysis experts, including analysts, software developers, and users of bioimage analysis. When we say “bioimage analysis”, it means “quantitative measurement of the parameters of biological systems using image data”. Nowadays, image data is more complex than what we generally perceive as “images” in our daily life. It is a form of data that captures the multidimensional state of biological systems. This means that the analysis of such data is beyond “image analysis” in the traditional sense - it is more about how we untangle that multidimensionality and come to some simpler view, looking at and understanding how biological systems are in operation. The future of this community is filled with many findings we have yet to know, and with excitement to explore the jungle of biological systems.